He comprado un local industrial nuevo y sin obra de 40 mtrs y 5,80 de altura en Moratalaz en un edificio comunitario con piscina en donde vivo. Un vecino tiene otro exactamente igual y se acaba de construir un loft con entreplanta. Quisiera hacer lo mismo que él, pero hace un año quise habilitarlo como estudio u oficina y me dijeron en mi junta municipal que no podía hacer una entreplanta porque necesitaba tener 3 mtrs por altura. Mi pregunta es: ¿Si hago un cambio de uso a loft o vivienda podré entonces hacer una entreplanta?

No tiene nada que ver. Para que te autoricen la entreplanta es necesario que no esté cubierto el indice de edificabilidad del edificio. Si lo está, no te van a permitir la construcción de la entreplanta aunque sea vivienda y si no lo está, en Madrid, la altura mínima por planta en vivienda es de 2,50 m, con lo cuál no debes tener problema.